Auch die Räume des Palastes wurden reich ausgeschmückt, und zwar von den Stars des späten römischen Manierismus. Beteiligt waren die Künstler Livio Agresti aus Forli, Federico Zuccari, Durante Alberti, Girolamo Muziano, Cesare Nebbia und Antonio Tempesta. Zum Zeitpunkt des Todes von Kardinal Ippolito II. d´Este 1572 waren die Arbeiten fast vollendet.

33 Jahre später, 1605 gab sein Nachfolger, Kardinal Alessandro d´Este neue Arbeiten in Auftrag. Zum einen wurden die bestehenden Anlagen instandgesetzt, zum anderen gab es eine ganze Reihe von Neuerungen in der Gesamtkonzeption der Gärten sowie den Dekorationen der Brunnen. 1660 bis 1670 fanden weitere Bauarbeiten statt, an denen auch Gianlorenzo Berini beteiligt war.

Im 18. Jahrhundert verfiel die Anlage aufgrund mangelnder Wartung. Das lag auch daran, dass die Anlage in den Besitz des Hauses Habsburg übergegangen war. Die Gärten waren verlassen, die Brunnen gingen kaputt und die Sammlung antiker Statuen die vor allem von Kardinal Ippolito II. d´Este ausgebaut worden war wurde in alle Winde zerstreut. Dieser Schillingsfürst, der in enfiteusi eine Villa von den Herzögen von Modena erhalten hatte, veranlasste 1851 eine Reihe von Arbeiten, um die Anlage vor dem endgültigen Verfall zu retten. Zwischen 1876 und 1882 erlangte die Villa noch einmal für einen kurzen Augenblick Bekanntheit in der Kulturwelt: der amtierende Kardinal hatte häufig den Komponisten Franz Liszt zu Gast, der in der Villa seine Giochi d´acqua komponierte und 1879 hier eines seiner letzten Konzerte gab.

Beim Ausbruch des Ersten Weltkrieges ging die Villa in den Besitz des Italienischen Staates über. In den 20er Jahren wurde sie umfangreich renoviert und der Öffentlichkeit zugänglich gemacht. 1944 erlitt die Anlage Schäden durch die Bombardements des Zweiten Weltkrieges. Nach dem Krieg war daher erneut eine aufwändige Restaurierung notwendig. Seither gehen die Reparatur- und Instandhaltungsarbeiten praktisch ununterbrochen weiter.

Die Gärten der Villa d'Este

Die Gärten erstrecken sich unterhalb der Villa an einem Hang und sind ein Meisterwerk der Gartenkunst. Es gibt mehr als 500 Brunnen, Nymphäen, Wasserspiele, Grotten und Wasser-becken sowie eine Wasserorgel. Das natürliche Gefälle wurde kunstvoll zum Betrieb der enormen Anlage genutzt. Der Garten besteht aus zwei Teilen unterschiedlicher Charakteristika.

Der Hanggarten erstreckt sich mit einer Abfolge von Rampen, Treppen und Terrassen über den Abhang. Die durch Nischenarchi-
tektur markierte Mittelachse führt vom Palast den Hang herunter zum Hauptgarten. Quer durch den Hang gibt es lange Wege
entlang linearer Brunnenanlagen (Allee der hundert Brunnen). An den Kopfenden sind besondere Brunnen zu finden (Fontana
di Tivoli, Fontana di Roma).

Dann folgt unterhalb die imposante Querachse der Gärten, die längs des Hanges liegt. Auf ihr liegen drei hintereinander gestaffelte Fischteiche. Das letzte Becken schneidet in den nordwestlichen Hang ein und wird von einer Doppelterrasse abgeschlossen, über der der imposante Neptunbrunnen mit Wasserorgel thront. Auf der anderen Seite ordnete Ligorio eine Exedra, eine Art Aussichtspunkt an, der aus der südwestlichen Gartenbegrenzung herausragte. Dort hat man einen weiten Blick über das Tal.

Der Hauptgarten (Gardino delle Semplici) ist etwas flacher. Laubengänge führen durch kleine Gärten; in manchen Beeten sollten ursprünglich Heilkräuter und Nutzpflanzen angebaut werden. In der Idealansicht von Etienne Dupérac 1573 erkennt man zwei Labyrinthe in diesem Teil der Gärten.

Die Brunnen der Villa d'Este

• Die Allee der hundert Brunnen im Hanggarten.
• Im Tivolibrunnen im Hanggarten. Er bildet das wichtigste Wasserreservoir der Anlage. Durch einen unterirdischen Kanal tritt hier ein Nebenarm des Flusses Aniene hervor und wird dann auf weitere Kanäle, die die Anlage speisen, weiterverteilt. Über dem Brunnen erhebt sich ein künstliches Gebirge, das von einer Pegasos-Statue beherrscht wird.
• Die Fontana di Roma und die Rometta, eine Kulisse (die das alte Rom darstellt und die um 1855 zum größten Teil abgebrochen wurde) bilden den Gegenpol zum Tivolibrunnen. Die Kunst der Bewässerung wird hier symbolisch als Grundvoraussetzung für die kulturelle Blüte Roms dargestellt.
• Der imposante Neptunbrunnen mit dem darüber liegenden Orgelbrunnen auf der Querachse. Letzterer enthielt einst eine wasserbetriebene Wasserorgel, die Ende des 18. Jahrhunderts unwiderbringlich verloren ging. Sie wurden in jüngerer Zeit analog, nach dem pneumatisch-hydraulischen System wieder instand gesetzt.